Нацпарк витягнувся вздовж правого берега Дністра і всього Дністровського району Чернівецької області на понад 180 км та займає площу 9446.1 км².
Глибоко врізана долина річки формує унікальний для України рівнинний каньйон і відіграє провідну роль у формуванні загального вигляду цілого регіону. Місцями глибина каньйону сягає 150–200 м. Характерним і водночас унікальним елементом є цокольні схили його високих терас. Наймальовничіші та найвеличніші краєвиди можна побачити відвідавши знамениті урочища «Шишкові горби» та «Веприк».
НПП «Хотинський» є одним з об’єктів Смарагдової мережі Україні. Тут ростуть кілька видів рослин, занесених у додаток І до Бернської конвенції – рябчик гірський, шиверекія подільська і сон великий, та мешкають тварини, які охороняються цією ж конвенцією – жаба прудка, ящірка прудка та зелена, лелека чорний, дятел зелений, ховрах європейський, бобер європейський, кіт лісовий.